Der Altar der Elisabethkapelle wurde 1623 durch den Domherrn Johann Christoph Hager gestiftet, wie die Inschrift und sein Bildnis auf der Predella belegen. Er wählte diese Kapelle für seine Grabstätte. Der vergoldete Aufsatz aus Tannenholz (4,90 x 2,40 m) formt aus seitlichen Kandelabersäulen und einem mit Voluten geschmückten Gebälk einen rundbogigen Rahmen. Mittig darauf befindet sich die Skulptur einer stehenden Madonna mit Kind im Arm vor einem Strahlenkranz.

Gleich dem Aufsatz stammt aus das auf dem Altar der Elisabethkapelle aufgestellte Reliquiar aus der Schenck-Werkstatt. In seinen vergoldeten, geschnitzten Rahmen wurde unten ein thronender gekrönter David eingearbeitet. Von ihm ausgehend führen rechts und links Ranken nach oben, die seitlich von zwei Engeln gehalten werden. Oben ist eine Madonna im Strahlenkranz mit zwölf Sternen zu sehen.

Das Altarbild stammt ebenfalls aus dem Jahr 1623. Es wurde in Öl auf Leinwand gearbeitet und zeigt die Krönung Mariens in einem Wolkenkranz. Über ihrem Kopf schwebt als Taube der Heilige Geist, rechts neben befindet sich Gottvater, links Christus mit der Krone. Zu ihren Füßen sind musizierende Engel sowie die beiden Johannes dargestellt. Das Gemälde kann keinem Maler zugeschrieben werden.

Der Altaraufsatz aus braun lasiertem Nussbaumholz mit Vergoldungen (4,83 x 2,12 m) in der Antoniuskapelle wurde 1629 von Weihbischof Jakob Mirgel gestiftet, dessen Wappen an der Predella zu sehen ist. Von der ursprünglichen Ausstattung durch die Schenck-Werkstatt sind heute lediglich der Korpus und möglicherweise die zwei Engel erhalten. Die heutige Form und Bemalung geht auf eine Umgestaltung durch Josef Eberle im Jahr 1888 zurück und präsentiert im Giebel die Figur des thronenden Gottvaters.

Auch der 1634 in braun gestrichenem, teilweise vergoldetem Tannenholz gearbeitete Altaraufbau (3,93 x 1,09 m) in der Magdalenenkapelle kann der Schenck-Werkstatt zugeordnet werden. Vom ehemaligen Figurenschmuck sind nur noch die thronende Muttergottes mit Kind in einer Muschelnische im Auszug sowie die in die Altararchitektur eingearbeiteten Puttenköpfe erhalten. Joseph Eberle ergänzte im 19. Jh. die Heiligen Veronika (l.) und Martha (r.).

Das Altargemälde (1,32 x 0,90 m) zeigt eine Grablegung Christi und wurde in der ersten Hälfte des 17. Jh. von einem unbekannten Meister geschaffen. Auch der Stifter des Altars ist aufgrund der fehlenden Inschrift auf der Predella nicht mehr identifizierbar. Nebenaltäre in Seitenkapellen sind häufig auf Stiftungen zurückzuführen und somit bestimmten Schutzheiligen gewidmet. Ihr Bildprogramm beruht daher oft auf persönlichen Wünschen und bietet die Möglichkeit der Repräsentation nach außen.

Sehr gut erhalten ist das auffällig reich verzierte Altarwerk der Barbarakapelle aus gestrichenem Tannenholz mit Gold und Silber (5,69 x 2,93 m). Es wurde vom Stifter der Kapelle, dem Domherrn Johann Caspar Betz 1628 in Auftrag gegeben. Sein Bildnis ist auf der Predella zu sehen und sein Wappen (ein Bär) befindet sich am Gitter, im Schlussstein sowie am Boden der Kapelle. Die rundbogige Bildnische wird von seitlichen Kandelabersäulen gerahmt, welche mit Puttenköpfen und Fruchtgehängen geschmückt sind.

Neben der Altararchitektur kann auch der figürliche Schmuck der Werkstatt Hans Schencks zugewiesen werden. Im Zentrum des Giebels wurde vor einer Muschelnische eine Sitzfigur der heiligen Barbara angebracht. Neben ihr befinden sich auf Konsolen zwei Engel, einer trägt einen Kelch, der andere einen Palmenwedel. An den Ecken sind zwei Wappen zu sehen, links das des Stifters Bez, rechts das der Stadt Schwarzenbach.

Das Altarbild in Öl auf Leinwand (2,56 x 1,49 m) zeigt die Anbetung der Könige vor den Ruinen des davidischen Palasts aus denen bereits Bäume herauswachsen. Links im Bild ist die sitzende Maria mit Jesuskind zusehen. Joseph stützt sich auf ihre Stuhllehne. Rechts befinden sich die Weisen und ihr Gefolge, ihre Geschenke darbietend. Im Rundbogen am oberen Bildrand schweben Engel in Wolkenballen.

Auf einem Holzblock zu Füßen Mariens ist die Signatur HA·P zu lesen, die als Hans Asper pinxit (Hans Asper hat es gemalt) entschlüsselt werden kann. Strittig ist jedoch welcher Hans Asper sich hier verewigte, da sowohl ein aus Zürich stammender, wie auch ein Konstanzer Maler dieses Namens um 1628 in Konstanz nachweisbar sind. Für letzteren spräche eine potentielle Arbeitsgemeinschaft mit Hans Schenck. An diesen hatte Asper 1616 das Haus zum Sittich verliehen, eine Beziehung ist somit nachweisbar.

Nachfolgend gestaltete Hans Christoph Schenck ein Kruzifix für den Chorbogen, welches dort bis zur klassizistischen Umgestaltung angebracht war und 1779 in den Thomasaltar integriert wurde, mit dessen Erstausstattung sein Sohn Christoph Daniel beauftragt wurde. Jener erhielt nach Jahren erstmals wieder einen Auftrag des Domkapitels, nachdem aufgrund eines Disputs bezüglich Bezahlung einiger Figuren am Orgelprospekt auf die Zusammenarbeit mit der Schenck-Werkstatt verzichtet wurde.